Dinding kaldera tersusun oleh formasi batuan tua yang terdiri dari satuan batuan meta- sedimen berumur lebih dari 300 juta tahun (Permo-Karbon), yang merupakan batuan dasar (mintakat) pembentuk pulau Sumatera yang berasal dari bongkah-bongkah (fragment) dari benua Gondwana yang terbentuk di lingkungan Kutub Selatan. Di tengah Danau Toba terdapat Pulau Samosir dengan ketinggian berkisar antara 900 hingga 1600 m di atas permukaan laut, yang terbentuk akibat pengangkatan dasar danau pasca erupsi kaldera ‘supervolcano’ dalam proses pencapaian kesetimbangan baru pasca-erupsi kaldera (resurgent doming). Mula jadi dari kaldera Toba ini berbeda dengan kaldera-kaldera lainya di Indonesia, yang umumnya berasal dari gunungapi strato (‘steady state’).
Kegiatan Vulkanik Pasca Erupsi “Supervolcano”
Kegiatan vulkanik ini berlanjut dengan pembentukan beberapa kerucut gunungapi di sepanjang tepi barat dari kaldera ini (G. Sibandang-Pardepur, G. Pusuk Buhit dan G. Sipisopiso), disertai oleh pengangkatan dasar kaldera (resurgent doming), sebagai proses pencapaian kesetimbangan baru pasca erupsi ‘supervolcano’, yang membentuk Pulau Samosir di bagian tengah kaldera ini. Beberapa gejala kenampakan panasbumi juga dijumpai di sekitar kawasan ini, berupa mata air panas (Palipi-Simbolon dan Aek Rangat). Erupsi Kaldera ‘supervolcano’ ini menyisakan jejak bentang alam yang khas, berupa sebuah danau vulkanik terbesar sepanjang sejarah Kuarter.
“Resurgent” Pulau SamosirPembubungan dasar kaldera (resurgent) pasca-erupsi ‘supervolcano’ Kaldera Toba adalah yang termuda di muka bumi ini, proses ini ditandai oleh terbentuknya Pulau Samosir di tengah Danau Toba yang merupakan danau vulkanik terbesar di dunia. Pulau Samosir mulai muncul di atas permukaan air Danau Toba (+ 900 m) setidaknya sejak 33.000 tahun yang lalu. Dinamika proses pengangkatan pulau Samosir menghasilkan pola patahan en-echelon di bagian timur pulau ini, undak danau, akumulasi endapan danau yang tebal (Aldiss & Gazali, 1984). Hingga saat ini pulau ini telah terangkat dan terungkit + 700 m dari posisi semula dengan posisi cenderung miring ke arah barat.
Pada bagian timur pulau Samosir terdapat beberapa kelompok kubah lava, dinataranya yang dikenal sebagai Kubah Lava Tuktuk yang bersusunan dasitan. Sedangkan pada sisi bagian barat dari Kaldera Toba terbentuk beberapa kerucut kubah gunungapi seperti Sibandang- Pardepur, G. Pusuk Buhit (termasuk gunung api aktif tipe B) dan G. Sipisopiso di utara, serta lapangan panasbumi Aek Rangat (Pangururan) dan Pintu Batu (Simbolon-Palipi).